HPV疑似与生殖器癌有一定的关系。利用DNA杂交技术发现生殖器癌组织中存在HPV-6、11、16、18型等。

1、宫颈癌：根据HPV与宫颈癌的关系，可将HPV分为两大类型：低危型主要指HPV-6、11型；高危型指HPV-16、18型。Gissmann等学者观察到在侵袭性宫颈癌中，有57.4%患者存在着HPV-16、18型，其他学者也有相同发现。其他医学实验从侵袭性宫颈癌中分离出HPV-33和35型。

2、皮肤鳞状细胞癌(SCC)：HPV感染而发生的CA也可能是癌前损害，并可发展成肛门生殖器SCC，这表明HPV是女阴、阴茎及肛门生殖器SCC的致病的因素。

3、鲍温样丘疹病：常见于阴茎、女阴或肛门周围，曾在皮损内发现HPV-16型DNA。