尖锐湿疣的病原体为人乳头瘤病毒，它们通常不进入血液，在进入人体后可潜伏于表皮基底层，然后随着表皮复制进入细胞核内，引起细胞的分裂，同时形成临床所见的皮损。治疗后有些患者反复发作，这可能与亚临床感染、潜伏感染或再感染有关，经多次治疗，大都可控制复发，也有少数长期带病毒的患者，经一段时间后，病毒可随机体免疫状态的改善而被抑制乃至消失。